Le collezioni del Museo offrono un viaggio affascinante attraverso il tempo, tracciando la storia e l’evoluzione della città di Como e del suo territorio. Il percorso espositivo prende avvio con la sezione preistorica e prosegue con una ricca e significativa sezione protostorica (Età del Bronzo e del Ferro), dove è data grande visibilità agli interessanti reperti afferenti alla cultura di Golasecca, di cui Como era uno dei principali centri. In particolare, un gran numero di reperti proviene da ritrovamenti e scavi avvenuti nella necropoli della Ca’ Morta. Il percorso di visita prosegue con la sezione romana, dove si illustrano i rinvenimenti più significativi della città e del territorio comasco. Alcuni elementi architettonici attestano la raffinatezza che doveva caratterizzare la città nei primi secoli dopo Cristo, soprattutto all’epoca del comasco Plinio il Giovane. Tra i reperti più significativi si ricordano un monumentale fregio con la parata dei cavalieri, quattro basi figurate rinvenute all’altezza di via Cinque Giornate e il famoso ritratto dell’imperatore Augusto.
Completano, inoltre, il percorso espositivo una ricca sezione epigrafica e peculiari collezioni ottocentesche che arricchiscono il Museo di reperti non solo provenienti da luoghi affascinanti, quali l’Egitto, la Mesopotamia, la Grecia, ma anche da territori limitrofi. Si ricordano, in particolare, la donazione di Alfonso Garovaglio costituita da reperti egizi, vasi greci, bronzetti e gemme romane e quella di Innocenzo Regazzoni che donò la sua raccolta preistorica.
Il Museo venne inaugurato nel 1897 nell’attuale sede che fu la residenza cittadina dei conti Giovio ed è intitolato all’illustre comasco Paolo Giovio.