Sono poche le notizie riguardanti la storia e l’edificazione della chiesa di San Pietro in Atrio. Le prime risalgono al 1181, in un documento che riporta una controversia tra i religiosi della chiesa di San Fedele e la famiglia De Piro. Se ne trova traccia qualche secolo più tardi, verso la fine del ‘500, quando Feliciano Niguarda visitò Como.
La chiesa è stata restaurata dal Comune di Como negli anni ’80 e adibita a spazio espositivo.